Nejen fauna ale i flóra je v Peru rozmanitá. Největší rozmanitost druhů opět najdete v amazonských nížinách. Vědci ale předpokládají, že jen v západní části Amazonie se nachází vegetace v původní formě. Rostlinné i živočišné druhy mizí takřka každý den, a to jen vinou člověka. Z 30 000 druhů známých rostlin bylo 20 000 objeveno právě v této oblasti. Ale tisíce druhů stále ještě čeká na objevení.
Tichomořské pobřeží
Na slunce bohatém, suchém pobřeží žije většinou jen pouštní vegetace. Jsou to převážně zakrslé keře, kaktusy, různé druhy trav a hlíznatých rostlin. Náhorní plošiny, Andy
Páramo a puno jsou charakteristickými vysokohorskými biotopy. Jedná se o vysokohorské křovinaté a travnaté území, které funguje jako přírodní „houba“. Zachytává a uvolňuje většinu vody. Páramo pokrývá většinu hor na severu území a pokračuje do Ekvádoru. Je charakteristické drsným klimatem, vysokým stupněm ultrafialového záření a mokrými rašeliništi. V oblasti Huarázu a na jihu země jsou rašeliniště a celkové počasí sušší, náhorní plošiny jsou více travnaté – jedná se o puno. Těmto oblastem dominují především trávy, plazivé rostliny, byliny, keře a zakrslé stromy. Pouze jen nejodolnější rostliny se dokázaly přiblížit drsným podmínkám této oblasti. Většina zdejších rostlin je malého vzrůstu, kompaktní a někdy tvoří hustý zelený koberec nazývaný „laretta“. Dejte si pozor na andské kaktusy. Vypadají jako neškodné chomáčky vlny, ale skrývají ostré bodliny.
Amazonská nížina
Oblast, kde přechází svahy And do amazonských vysočin, je odlehlá a drsná. Nachází se zde málo prozkoumaný mlžný prales, pojmenovaný podle toho, že stromy zachytávají dešťové mraky, které zdejší krajinu zvlhčují a vytvářejí v lesích zvláštní klima, které podporuje přežití různých vzácných rostlinných druhů. Zdejší stromy se adaptovaly na příkrou kamenitou půdu a drsné klima. Jsou charakteristické nízkým sukovitým vzrůstem, hustou korunou s malými lístky a na mnohých z nich parazitují orchideje, bromélie, kapradiny a další. Tato hustá vegetace dodává těmto lesům strašidelně krásnou atmosféru. Je domovem mnoha savců (pumy, tapíři, medvědi) a ptáků. Každoročně se zde objeví velké množství nových druhů. Jednou z věcí, které turisty šokuje v amazonském pralese, je velikost stromů. Například některé exempláře kapoku vlnatého mohou mít v průměru 5 metrů. Některé stromy mají zvláštní kořeny, které vypadají jako by je podpíraly. Tyto stromy najdete především v zátopových oblastech. Kořeny jim pomáhají přežívat tyto pohromy. Deštná palma je příkladem stromu s těmito zvláštními kořeny. Tam, kde byly stromy poničeny záplavami, vodou a kácením, se vyskytují rychle rostoucí druhy rostlin. Jejich přírůstky mohou tvořit i několik metrů za rok. Většina z nich patří do rodu Cecropia. Najdete zde velké množství mahagonových stromů, cedrů, kaučukovníků, vanilky a nespočet dalších druhů stromů a květin.
