Obecně platí, že každý cestovatel by měl mít pro pobyt v Peru sjednáno pojištění zdravotních výloh. Součástí zájezdu CK Čedok je pojištění u České pojišťovny, jeho rozsah a podmínky se dozvíte při koupi zájezdu. Lékařská péče je v Peru relativně dobrá, což platí o městech (vcelku však připadá 1 lékař na 10 000 obyvatel a většina místních se svěří v prvé řadě šamanovi). V případě ošetření v nemocnici si nechte vystavit lékařskou zprávu s diagnózou. Počítejte s tím, že budete platit na místě v hotovosti, uschovejte si proto originály účtů a receptů pro pozdější jednání s Českou a vaší zdravotní pojišťovnou.
Lékárny se nacházejí především ve městech a jsou označeny zeleným křížem v bílém poli. Veškeré léky (i předepsané lékařem) se platí v hotovosti. Indiáni nakupují osvědčená přírodní léčiva na tržištích.
Příruční lékárnička by měla obsahovat léky proti horečce (Anopyrin, Paralen, Acylpyrin), analgetika (Brufen, Korylan), léky na zastavení průjmu (Imodium, Reasec, Carbosorb), na střevní dezinfekci (Endiaron, Endiform, Mexaform, Ercefuryl), případně antibiotika předepsaná lékařem (Ampicilin, Augmentin, Deoxymykoin), antihistaminika na zklidnění při poštípání (Dithiaden, Fenistil), oční kapky (Ophtalmoseptonex), mast proti kožním mykózám (Canesten, Mykoseptin), mast na hnisající rány (Framykoin), mast na otoky (Ketazon, Yellon), obyčejné i pružné obinadlo, několik náplastí s polštářkem i bez, vodě odolnou náplast, Panthenol gel na spáleniny, malý dezinfekční sprej (Septonex, Jodisol), nerozbitný teploměr, nůžtičky, jehlu, pinzetu, jelení lůj a šátek.
Žádné zvláštní očkování, pokud nemíříte do pralesa, není vyžadováno. Doporučuje se očkování proti oběma žloutenkám, břišnímu tyfu, žluté zimnici a tetanu. Proti komárům je vhodné přibalit účinný repelent, oblékat se do dlouhých kalhot, košil s dlouhým rukávem a nosit ponožky. Hladit zvířata není rozumné, mohla by mít vzteklinu. O případném užívání antimalarik se vždy poraďte s obvodním i odborným lékařem.
Nedoporučujeme pít vodu z vodovodu, je běžně nepoživatelná a riskujete cestovní průjem. Všude je k dostání voda balená.Též v restauracích doporučujeme vždy vyžadovat uzavřenou balenou vodu a nikdy nepít vodu servírovanou v karafách.
Výšková nemoc (soroche) hrozí při rychlých přesunech do velké nadmořské výšky, zejména pokud jste nikdy nebyli ve vysokých horách. Projevuje se bolením hlavy, závratěmi, nevolností, nespavostí, dušností. Nejlepší obranou je postupná aklimatizace (zejména spaní v nižší nadmořské výšce než jste se konkrétního dne pohybovali) a dostatečné pití tekutin (voda a především čaj z koky). V hotelích, které využívá Čedok a na turisticky frekventovaných lokalitách jsou k dispozici přenosné kyslíkové přístroje pro vážné případy. Pokud je to možné, je žádoucí vrátit se do nižší nadmořské výšky.
Nepodceňujte sluneční záření, zejména ve vyšších nadmořských výškách, přestože se zdá zataženo. Používejte opalovací krémy s vyšším faktorem (minimálně 16), pokrývku hlavy, sluneční brýle a lůj na rty.
Zemětřesení. Malé otřesy jsou v Peru každodenní, protože země leží na styku dvou zemských desek, a pravděpodobně je vůbec nezaregistrujete. Při větších otřesech nestůjte zejména v oknech, na mostech a pod dráty elektrického napětí. Vulkanická činnost je sporadická, momentálně je viditelně aktivní pouze sopka Ubinas (5672 m n.m.), ležící mimo turistické trasy.